Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau berdiri sejak tahun 1969 yang namanya Tjabang Lembaga Penelitian Perikanan Darat yang berlokasi di Makassar. Balai ini mengalami beberapa perubahan nama yaitu: Tahun 1980 menjadi Sub Balai Penelitian Perikanan Darat di Bawh Balai Penelitian Perikanan Darat Bogor, 1984 Balai Penelitian Budidaya Pantai (BALITDITA) dengan 3 Sub Balai, 1995 Balai Penelitian Perikanan Pantai (BALITKANTA) dengan 3 Sub Balai, 2002 Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau (BRPBAP), 2011 Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau (BPPBAP).
